Manfred L. Pirner ist Inhaber des Lehrstuhls für Religionspädagogik und Didaktik des evangelischen Religionsunterrichts an der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg. Zudem ist er Direktor der Forschungsstelle für Öffentliche Religionspädagogik (RUPRE) und gemeinsam mit Prof. Dr. Michaela Gläser-Zikuda Leiter der Kompetenzstelle für Schulentwicklung und Evaluation (KSE).

Er arbeitet seit etlichen Jahren im Bereich von Religionstheorie, empirischer Religiositätsforschung und Lehrerforschung.